2024到日本留学时不少人会参考日本大学排名来决定要申请哪所学校，毕竟人人都想要有名校的学历光环加持，而QS世界大学排名、US News世界大学排名、THE(Times Higher Education 即泰晤士高等教育)世界大学排行、ARWU世界大学排名这四大机构是最多人参考的指标。
然而，因为计算时偏重基准的不同，大家常用的世界大学排名，事实上与日本人心目中的排行是有所出入的。因此建议在报考日本大学时，也必须同时参考日本国内的大学排行(等级排名)。为此，本文收录了170间日本大学的国内排名(等级)，希望对大家选择日本大学时能有所帮助。
首先要先有的一个观念是，无论是上述的QS世界大学排名、THE(泰晤士)世界大学排名、或者其他的国际机构的排名都倾向低估日本大学的程度。为什么这么说呢？
先看一下两个大学排名
QS世界大學排名 | THE(泰晤士高等教育)世界大學排名
1 位 東京大學（28位）| 東京大學（29位）
2 位 京都大學（46位）| 京都大學（55位）
3 位 大阪大學（80位）| 東北大學（130位）
4 位 東京工業大學（91位）| 大阪大學（175位）
5 位 東北大學（113位）| 東京工業大學（191位)
6 位 九州大學（164位）| 名古屋大學（201～250位）
7 位 名古屋大學（176位）| 九州大學（301～350位）
8 位 北海道大學（196位）| 北海道大學（351～400位）
9 位 早稻田大學（199位）| 筑波大學（351～400位）
10 位 慶應義塾大學（214位）| 東京醫科齒科大學（401～500位）
可以发现在日本人心目中的S级大学–庆应义塾大学(日本国内大学分级会在接下来详细解说)，在THE(泰晤士高等教育)世界大学排名中完全排不上名，甚至在QS世界大学排名中也居于九州大学、北海道大学之下。
同样地在日本孕育出许多商科人才，在商界评价非常好的一桥大学，在上述两个世界大学排行榜中连前五百名都挤不进去，由此可见世界排名与实际的落差。
为什么会出现这样的现象呢？原因就出在世界大学排名基准中，‘论文被引用数’及‘国际化程度’(教授与留学生是外国人的比例)，常是两个很重要的评分标准，而这对于日本大学来说相当不利。原因如下:
日本大学的论文常是以日文写作，而非国际通用的英文，因此在世界上被引用的机会就相对较少
论文被引用数对于没有理工科系的专门大学尤其吃亏，例如上述的一桥大学只有商、经济、法、社会科学四个学系，而文科的论文数本来就较理工科系少
日本大学授课多以日文进行，因此对于有意到日本任教或求学的外国人来说，先花一两年时间学习日文是第一步，自然影响日本大学里的外国人比例。因为上述的原因，THE世界大学排名就另外做了一份仅以日本大学为对象的排名。相较于世界版以“研究力”为评分基准，日本版则更重视的是“教育力”。
考量大学整体的教育环境及学生学习的品质，以“教育资源”、“教育充实度”、“教育成果”、“国际性”这四大分野的16个项目为指标，再加上反映学生实际感受的学生调查，做出一份不同角度的日本大学排行。
以下则是最新的THE世界大学日本版排名（2023年）。
| 2023 THE世界大學日本版排名 | |
| 名次 | 學校名稱 |
| 1 | 東北大學 |
| 2 | 東京大學 |
| 3 | 大阪大學 |
| 4 | 東京工業大學 |
| 5 | 京都大學 |
| 6 | 九州大學 |
| 7 | 北海道大學 |
| 8 | 名古屋大學 |
| 9 | 筑波大學 |
| 10 | 國際基督教大學 |
| 11 | 廣島大學 |
| 12 | 慶應義塾大學 |
| 13 | 神戶大學 |
| 14 | 早稻田大學 |
| 15 | 國際教養大學 |
| 16 | 一橋大學 |
| 17 | 東京醫科齒科大學 |
| 18 | 金澤大學 |
| 19 | 千葉大學 |
| 20 | 東京農工大學 |