一：确定所属使领馆：
签证申请使领馆区域划分：
日本驻华大使馆：北京市，天津市，陕西省，山西省，甘肃省，河南省，河北省，湖北省，湖南省，青海省，新疆维吾尔自治区，宁夏 回族自治区，西藏自治区，内蒙古自治区。
日本驻上海总领事馆： 上海市，安徽省，浙江省，江苏省，江西省。
日本驻广州总领事馆： 广东省，海南省，福建省，广西壮族自治区。
日本驻沈阳总领事馆： 辽宁省（除大连市），吉林省，黑龙江省。
日本驻重庆总领事馆： 重庆市，四川省，贵州省，云南省。
日本常驻大连办事处： 大连市
日本驻青岛总领事馆： 山东省
日本驻香港总领事馆：香港特别行政区，澳门特别行政区。
二：选择代办机构，日本签证需要使馆指定代办机构提交。个人无法直接向使馆递送签证申请。使馆网站上都有指定机构名单。
三：申请材料：
1、申请表（使馆网站下载）
2、护照原件+首页复印件
3、2张近期白底彩照（3.5*4.5cm规格）
4、户口本首页+本人页复印件
5、在留资格认定证明书原件
6、留学调查表
7、学费支付者的在职证明原件（一般都是父母）
8、毕业证 复印件
9，其它文件（不同地区可能会有特别要求，以代办机构要求为准）